Data daripada projek MyGenom akan disimpan dengan langkah-langkah keselamatan yang ketat untuk melindungi privasi dan memastikan integriti data. Data ini akan disimpan di ‘miror sites’ di pangkalan data di premis (MGVI-NIBM) dan di ‘cloud’ (NIH). Antara langkah keselamatan adalah sandaran ‘miror sites’, pengenalan peribadi yang dianonimkan, penyulitan dan perlindungan kata laluan, serta sistem keselamatan firewall.